Subversion guarda la información de archivos versionados dentro de un directorio oculto con nombre svn, por lo tanto si se te presentan problemas, puedes borrarlo y añadir los nuevos directorios al repositorio de código, y digo nuevos, porque al borrar el registro subversion no sabrá que ya estaban ahí.

Para no ir uno a uno, porque se alcena uno por directorio, realizaremos una búsqueda que se usará como entrada para el comando de borrado recursivo:

find . -name .svn | xargs rm -fr