Subversion guarda la información de archivos versionados dentro de un directorio oculto con nombre svn, por lo tanto si se te presentan problemas, puedes borrarlo y añadir los nuevos directorios al repositorio de código, y digo nuevos, porque al borrar el registro subversion no sabrá que ya estaban ahí.

Para no ir uno a uno, porque se alcena uno por directorio, realizaremos una búsqueda que se usará como entrada para el comando de borrado recursivo:

find . -name .svn | xargs rm -fr

Instalamos subversion:

apt-get install subversion

Se crea el repositorio

svnadmin create /usr/local/src/jmdocbook

se crea el directorio /tmp/jmdocbook/trunk que alojará los módulos y se hace la primera importación.

svn import /tmp/jmdocbook file:///usr/local/src/jmdocbook -m "Initial import."

Comandos útiles para ver los proyectos versionados y descargarlos:

svn list file:///usr/local/src/jmdocbook/trunk

svn co file:///usr/local/src/jmdocbook/trunk/modulo

cd modulo
svn status // para ver los cambios
svn add directorio // para versionar un directorio y su contenido
svn del directorio // para eliminarlo
svn commit -m "Mensaje explicativo."

Para mas información visitar la wiki de debian sobre subversion.